改進的蟻群算法在2D HP模型中的應(yīng)用
何蓮蓮 ,石 峰,周懷北 2010/8/12
摘要:針對蛋白質(zhì)二維格模型(2D HP)折疊問題提出了一種改進的蟻群算法(Ant Colony Optimization AI—
gorithm),在算法的搜索階段采用了牽引移動(pull moves)的方法:首先按照一定規(guī)則移動一個或兩個頂點的位置.然后將其他頂點沿著鏈依次向前移動兩個位置,一旦達到一個新的有效構(gòu)象則停止該移動.該方法的優(yōu)點是大多數(shù)移動只需改變很少的頂點位置,使得改進后的蟻群算法具有較快的收斂速度.求解基準實例的結(jié)果表明,該算法在保證解的質(zhì)量的前提下能大大縮短計算時間.
關(guān)鍵詞:蛋白質(zhì)折疊;格模型;蟻群算法;生物信息學
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